W latach osiemdziesiątych XIX wieku prowadzono dalsze prace remontowe kościoła parafialnego, m.in. oszalowano zewnętrzną elewację kościoła (1885). Podczas zarządu parafią ks. Franciszka Urynieckiego przebudowano dach, a za czasów ks. Edwarda Bieleckiego odrestaurowano ambonę. Przypuszczalnie także podczas któregoś z tych remontów została zlikwidowana kruchta północna (być może była w złym stanie technicznym), gdyż w 1903 roku już nie istniała. W roku 1894 ówczesny proboszcz ks. Michał Brzozowski ufundował główny ołtarz z obrazem NMP i wzniesiono wieżyczkę na sygnaturkę.
Zapewne te prace przy bebelskim kościele znalazły odzwierciedlenie w podsumowaniu wizytacji przeprowadzonej w 1893 r. przez ks. Grzegorza Augustynika:
na wyścigi pracują wszyscy […] nad upiększeniem kościołów, nad utrzymaniem w porządku dóbr parafialnych oraz w 1890 r. przez bp Tomasza Kulińskiego – jak na wiejski kościółek, schludnie wygląda.
Poważne prace przy kościele prowadzono także na początku XX stulecia, kiedy to ówczesny proboszcz Piotr Czerna w 1903 roku przedłużył kościół o ponad 5 metrów (likwidując zachodnią kruchtę) i podniósł go o ok 50 cm.
![Nagrobek ks. Stanisława Orłowskiego na cmentarzu parafialnym w Olesznie [2012 r.]. Foto W. Cichecki.](https://bebelno.cichecki.net/wp-content/uploads/2014/03/248.jpg)
Wtedy to także wzmocniono fundamenty, a w zasadzie wykonano murowane (z cegły i kamienia) cokoły pod ścianami zrębu, wymieniono chór muzyczny i odrzwia, pomalowano wnętrze, przebudowano sygnaturkę (w sumie całkowicie zmieniono jej kształt i wielkość) oraz odnowiono więźbę dachową. Z roku 1903 pochodzi rysunek J. Olszewskiego przedstawiający kościół przed jego rozbudową.
W trakcie kolejnych wizytacji parafii Bebelno nadal wytykano fatalny stan plebanii, np. w 1902 r. podczas wizytacji ks. Aleksandra Majewskiego, choć może to nieco dziwić, gdyż plebania, co prawda drewniana, wzniesiona przez ks. Świestowskiego miała dopiero 34 lata.
Z tego też względu w latach 1904-1910 wybudowano nową, murowaną plebanię, organistówkę (jeszcze pod koniec ubiegłego stulecia stała w północno-wschodnim rogu posesji obecnej organistówki) i spichlerz. Budowę tę skredytował prezes miejscowego dozoru kościelnego, wspomniany już Jan Suliga, a jej koszt wyniósł ponad 1300 rubli. Niestety nie można w tym miejscu powiedzieć pozytywnie o rzetelności późniejszych bebelskich proboszczów, gdyż jedynie ks. Teofil Zawartka wypłacił mu 400 rubli w latach 1911-1916. Suliga użalał się z tego tytułu biskupowi kieleckiemu jeszcze w okresie międzywojennym.
W latach 1917-1921 proboszczem w Bebelnie był ks. Stanisław Orłowski. Po opuszczeniu bebelskiej parafii był proboszczem w Dzierzgowie, a następnie w Olesznie, gdzie zmarł i jest pochowany.