Bebelno w Polsce jest tylko jedno, nie licząc oczywiście samego podziału Bebelna na Wieś i Kolonię. Według Danuty Kopertowskiej nazwa Bebelno pochodzi najprawdopodobniej od słowa „bąbel” odzwierciedlającego ukształtowanie terenu (wypukłość, wyniosłość terenu). W tym przypadku chodzi zapewne o lekkie wzniesienie terenu na którym znajduje się Bebelno. Można chyba śmiało stwierdzić, że przekazywana często w podaniach ustnych geneza tej nazwy wyjaśniająca jej pochodzenie od bąbli na wodzie (jakoby ten teren był zalany kiedyś wodą i go osuszono) czy też od imienia dawnego, rzekomego właściciela wioski – Bąbla, jest chyba mało prawdopodobna.
Obecne brzmienie miejscowości utrwaliło się dopiero w XVII wieku. Wcześnie używano np. nazw: „Bembelno”, „Bambelno”, „Bębelno” czy „Bąbelno”.
Już od zamierzchłych czasów występowało „rozgraniczenie” w nazewnictwie miejscowości, które to od XV wieku zaznaczyło się wyraźnym podziałem na dwa Bebelna. Jedno z nich, nosiło nazwę „Bebelna Zalesia” (Zaleśnego, Zaliesznego) i używano jej na pewno już w latach dwudziestych piętnastego wieku. Biorąc pod uwagę fakt, iż nazwa ta należy do bardzo starych, początków Bebelna można się dopatrywać już w XIII wieku lub nawet wcześniej. Dodatkowo dowodzi ona temu, iż kiedyś Bebelna mógł rozgraniczać las. Bebelno to nazywane było także zamiennie „Bebelnem Mniejszym” (Małym) lub „Bebelnem Kościelnym” z racji usytuowania tam kościoła. Drugie Bebelno nosiło nazwę „Bebelna Długoszy” – od nazwy właścicieli (używana była jeszcze w latach dwudziestych XVI wieku). Bebelno to zamiennie nazywane było także „Bebelnem Większym”.
Z ciekawostek warto wspomnieć, że w parafialnych księgach metrykalnych do połowy XVIII wieku występuje miejscowość Zalesie. W żadnych innych źródłach nie natrafiamy jednakże na miejscowość o takiej nazwie, która kiedykolwiek wchodziłaby w skład bebelskiej parafii. Zatem najprawdopodobniej chodzi o Bebelno Mniejsze zwane wówczas Bebelnem Zaleśnym. W zapiskach parafialnych nazwa Zalesie występuje po raz ostatni w roku 1767.
Z czasem oba Bebelna połączyły się w jedno, dopiero po uwłaszczeniu chłopów w XIX wieku powstał podział na Bebelno Kolonia i Bebelno Wieś (tzw. stare Bebelno). Taki podział zachował się do czasów obecnych, jednakże ma on charakter bardziej administracyjny niż praktyczny, gdyż oba Bebelna są ze sobą złączone i niejako „przeplatają” się wzajemnie.