W trakcie wojny dużym przejawem religijności parafian było uczestnictwo w nabożeństwach, w trakcie których śpiewano pieśni w języku polskim, modlono się o pokój, rychłą wolność oraz o powrót bliskich z wojny. W dni powszechne odprawiana był jedna msza, a w niedziele dwie – o godzinie 8. i 11. Mały drewniany kościółek w Bebelnie wypełniony był praktycznie zawsze po brzegi. W tamtym okresie rekordową frekwencją cieszyły się różnego rodzaju nabożeństwa. W Godzinie Świętej przed pierwszym piątkiem miesiąca uczestniczyło ok. 60 osób, a w pierwszych piątkach miesiąca – ok. 80 osób. Dużą popularnością cieszyły się nabożeństwa ku czci Najświętszego Serca Pana Jezusa. W czterdziestogodzinnym nabożeństwie i adoracji Najświętszego Sakramentu brało udział ok. 1500 wiernych. Także nabożeństwa czerwcowe ku czci Pana Jezusa gromadziły ok. 220 osób. W nabożeństwach wielkopostnych także brało udział wielu wiernych. W gorzkich żalach uczestniczyło ok. 700 osób, w drodze krzyżowej ok. 150. Łącznie triduum paschalne gromadziło w kościele ok. 1150. wiernych. Podobna frekwencja była także na nabożeństwach ku czci Maryi Panny. Nabożeństwa majowe gromadziły ok. 300 osób, a październikowe ok. 260. Osoby które nie mogły uczestniczyć w nabożeństwach majowych, gromadziły się przed udekorowanymi, przydrożnymi kapliczkami, gdzie śpiewano pieśni oraz odmawiano litanie.
To wszystko dziś skłania do refleksji. Tamten klimat wiary i wsi tak prostej i szczerej jak ówcześni ludzie, chyba już minął bezpowrotnie…
Jak już wcześniej wspomniano lata okupacji niemieckiej niosły katolikom dużo utrudnień. I tak przykładowo nabożeństwa roratnie wolno było odprawiać tylko w poniedziałki, środy i piątki. Uroczystości i święta jeśli wypadały w dni powszechne były przekładane na najbliższą niedzielę. Jednakże zdarzało się, iż zakazy te były świadomie łamane. Przykładem może być uroczystość Bożego Ciała w 1943 roku, kiedy to wierni zebrali się o godz. 9 i uczestniczyli we mszy świętej i procesji dookoła kościoła, a dopiero w najbliższą niedzielę odbyła się uroczysta procesja do czterech ołtarzy.
Praktyką było także nawiedzanie Najświętszego Sakramentu. Z tego też względu kościół był otwarty codziennie w godzinach od 8 do 10 latem i od 8:30 do 10 zimą.
W czasie wojny przy bebelskim kościele działały także trzy stowarzyszenia katolickie. Były to: Żywa Róża, Apostolstwo Modlitwy oraz Tercjarstwo Trzeciego Zakonu św. Franciszka.
Przez większą część wojny proboszczem w Bebelnie był ks. Piotr Banach. Oprócz pracy duszpasterskiej, posługą kapłańską służył także oddziałom partyzanckim, głównie AK, udzielając im zarówno pomocy duchowej i materialnej.