W XVI wieku powstał w Europie ruch religijno-społeczny zwany reformacją. Początkowo polegał on głównie na krytyce ówczesnych stosunków panujących w Kościele katolickim oraz propagowania jego odnowy. Efektem był trwały rozłam zachodniego chrześcijaństwa i powstanie protestantyzmu z szeregiem kościołów: ewangelicko-augsburskim (luterańskim), ewangelicko-reformowanym (kalwińskim), prezbiteriańskim i anglikańskim. Spośród nich ważną rolę odegrał kalwinizm który odrzucał zwierzchność papieża, obrzędy kościelne i większość sakramentów. Od wystąpienia Marcina Lutra w 1517 roku reformacja stawała się ruchem ogólnoeuropejskim obejmując Niemcy, kraje skandynawskie, Czechy, Węgry, Polskę, Szwajcarię, Wielką Brytanię i Francję. Kalwinizm w Polsce upowszechniał się od lat czterdziestych XVI wieku głównie wśród szlachty. Związane to było w znacznej mierze z zatargami szlachty z klerem o dziesięciny, sądownictwo kościelne i udział Kościoła w świadczeniach związanych z obronnością. Reformacja swobodny rozwój zawdzięcza głównie konfederacji warszawskiej (1573 r.) zapewniającej tolerancję religijną w kraju.
Reformacja nie ominęła także Bebelna. Przypuszczalnie w połowie XVI wieku Bebelno stało się ośrodkiem reformacji kalwińskiej. Stało się tak za sprawą ówczesnych właścicieli Bebelna – Gosławskich którym akurat przypadło w tamtym okresie prawo prezenty. Wspominani Gosławscy – oprócz Bebelna właściciele także kilku innych wiosek w dawnych województwach sandomierskim i krakowskim – związali się właśnie w tym czasie z kalwinizmem, potem jednak większość z nich przeszła na arianizm.
W kolejnych dekadach XVI wieku brak jest jakichkolwiek wzmianek o kościele w Bebelnie. Nie wiadomo nawet, czy wspominana wcześniej nie konsekrowana kaplica została zastąpiona jakąś inną budowlą. Jeśli założymy że nie, to za każdym razem gdy będziemy mówić o „zborze”, przypuszczalnie będziemy przywoływać tę właśnie kaplicę, która w drugiej połowie XVI stulecia (ks. J. Wiśniewski mówi nawet, że w 1548 r.) została najprawdopodobniej zamieniona na zbór kalwiński. Funkcjonowanie tego zboru poświadczone jest w latach 1570-1576 kiedy dziedzicami wsi byli Krzysztof, a później Stanisław Gosławscy (1576 r.). Należy tutaj wykazać dużą ostrożność i zastanowić się czy w ogóle można porównywać kościół/kaplicę ze zborem (w sensie budowli) przywoływanym w dokumentach źródłowych, oraz czy zwrot „kościół” w tych źródłach odnosi się do budowli czy raczej chodzi tu o Kościół w sensie duchowym.
W czasie kiedy Bebelno było ośrodkiem reformacji kalwińskiej katoliccy mieszkańcy Bebelna pozbawieni byli własnego kościoła parafialnego i opieki duszpasterskiej. Zmuszeni byli korzystać z pomocy sąsiednich parafii, np. Dzierzgowa (w zaginionych obecnie księgach aktów ślubów i chrztów z tej parafii, z lat 1601-1622, istniał zapis, iż chrzczono tam m.in. syna Stanisława Wieczorka z Bebelna). Pomimo iż Bebelno było w tym okresie ośrodkiem reformacji kalwińskiej, większość miejscowych chłopów pozostała wierna wyznaniu katolickiemu. Gosławscy z reguły spotykali się z oporem chłopów przeciwko przymusowej protestantyzacji.
Ze źródeł wiadomo, że w czerwcu 1576 roku ministrem zboru w Bebelnie był Szymon Petricovius, a na początku 1597 roku kalwińskiego pastora Marcina Janiciusa w Bebelnie Zalesiu zastąpił Daniel z Oksy. Osoba Janiciusa, którego przeniesiono wówczas do Secemina, znana jest m.in. z tego, że protokołował odprawiane w Seceminie i Włoszczowie synody kalwińskie. Wspomniany zaś pastor Daniel pracując w Bebelnie z kolei zbliżył się do arian, by po pewnym czasie publicznie wyrzekając się popełnionych błędów, powrócić znowu do kalwinizmu.
Najprawdopodobniej ostatnim duchownym wyznania kalwińskiego w Bebelnie był znany tylko z imienia – Stanisław (1610-1614). Nie jest także wykluczone, iż po nim, przez krótki czas urzędował tam pastor luterański.
Tłumaczenie traktatu Adama Gocławskiego z Babelna pt.”Refutatio Eorum” dostępne tutaj http://christianismirestitutio.pl/wp-content/uploads/2014/09/Odparcie-Zarzut%C3%B3w.pdf