W roku 1777 do wystawionego przez Bystrzanowskich kościoła dobudowano od strony północnej obszerną zakrystię oraz kruchtę. Było to dość nietypowe usytuowanie kruchty, gdyż zwykle dostawiano ją od południa lub zachodu. Druga kruchta – zachodnia powstała później (wymieniana jest w 1818 roku).
Ks. Wiśniewski podaje, iż w 1778 roku na obrazie Najświętszej Maryi Panny znajdowało się 17 wotów. Wśród nich znajdował się na tablicy konik ofiarowany przez dziedzica Krasowa – Jana Łabęckiego.
Koniec wieku XVIII nie był chyba okresem najszczęśliwszym dla bebelskiego kościoła.
W roku 1792 w kościele miała miejsce kradzież puszki na komunikanty, sreber, kielicha, złotego łańcucha, korali i dzwonu – po części nieudana gdyż złodzieje zostali spłoszeni pozostawiając wota na obrazie.
Dwa lata później, w roku 1794, kolejnego spustoszenia w Bebelnie i okolicy dokonują Kozacy w pościgu za wycofującymi się w kierunku na Małogoszcz, po klęsce w bitwie pod Szczekocinami, wojskami Tadeusza Kościuszki. Po zniszczeniu siekierami drzwi do zakrystii kościoła, zrabowano pieniądze oraz srebro przygotowywane na monstrancję. Świadczy o tym dokument – zapiska skreślona pro memoria – przywoływany przez M. Rawitę-Witanowskiego:
1794 in dictus Augustis. Wojsko nieprzyjacielskie (…) wielkie rabunki kościoła, plebanii i dworu czynili. Kościół w Bebelnie zrabowali, ks. plebana (zapewne chodzi tu o ks. Marcina Breyera) po plecach dwóch żołdaków bili. Drzwi do zakrystii siekierą wyłupili, na górę nad zakrystią weszli, tam skrzynie JMP Rogozińskiego rozłupili, pieniądze i rozmaite rzeczy wzięli, niektóre jednak zostawili. Księdzu zaś plebanowi pieniądze w złocie i srebrze wzięli. Srebro w rozmaitych sztukach z szabel i innych na monstrancję przygotowane w worku, gdzie też była korona srebrna z obrazu i Malchizech [sic] srebrny, pozłocisty i kupkę niemałą, wszystko to zabrali. Przecież krzyża srebrnego i wotów kilkanaście srebrnych, osobno w in. worku będących, chociaż to wszystko mieli w rękach i oglądali, nie wzięli. Aparatów także nie tknęli, pas tylko do alby niebrzydki, jedwabny, z kołka jeden żołdak pochwycił i wziął. W tej okolicy p. sędziego krakowskiego zamęczyli. Drugiego pół mili od Bebelna w Radkowie tremendo zbili, również p. podkomorzego rawskiego.
Najprawdopodobniej ten sam dokument przywołuje także ks. Jan Wiśniewski:
Anno Dni 1794 in diebus Rogationis Kozacy wielkie rabunki kościołowi plebanji i dworowi czynili, kościół w Bebelnie zrabowali, ks. plebana dwóch kozaków po plecach bili, drzwi do zakrystii siekierą wyłupili, na górę nad zakrystię weszli, tam skrzynkę J.P. Rozińskiego rozłupili pieniądze i rozmaite rzeczy wzięli, srebro w rozmaitych sztukach na monstrancję przygotowane zabrali. Przecież krzyża srebrnego i votów kilkanaście srebrnych osobno w innych workach będących, chociaż w rękach mieli i oglądali, nie zabrali. Aparatów także nie wzięli, pas tylko do alby niebieskiej, jedwabny, z kołka kozak pochwycił i wziął. W tej okolicy pana sędziego krakowskiego zamęczyli, drugiego pół mili od Bebelna w Ratkowie tremende (strasznie) zbili P. Podkomorzego Rawskiego.
Czego nie zdołali zabrać spłoszeni rabusie w 1792 roku, inni kradną w 1794 – przypuszczalnie w tym roku kościół pada także ofiarą Moskali którzy rabują wota kościelne.
Z roku 1818 pochodzi zachowany opis kościoła w Bebelnie i jego najbliższego otoczenia. Możemy się z niego dowiedzieć, że Kościół jest z drewna rżniętego wystawiony; dachem z gontów w połowie dobrym, w drugiej połowie spróchniałych, pokryty; do którego są dwa wejścia. We wnętrzu była podsiebitka z tarcic spróchniała. Cmentarz przykościelny, na którym jeszcze wówczas chowano zmarłych, otaczał zniszczony drewniany parkan. Stała na nim kośnica z drzewa rżniętego i dzwonnica na słupach, tarcicami obita.
Jak więc widać przedstawia on nam w głównej mierze stan techniczny kościoła i jego najbliższego obejścia. Przedstawiony obraz kościoła mówi, iż jest on w niezbyt dobrym stanie technicznym, z częściowo uszkodzonym pokryciem dachu i spróchniałymi deskami wewnątrz oraz chylącym się ku upadkowi drewnianym ogrodzeniem.
Z roku 1822 pochodzi bardziej szczegółowy opis kościoła i w odróżnieniu od wcześniej przytaczanego opisuje nam wygląd jego wnętrza. Możemy się z niego dowiedzieć, że główny ołtarz był na murze czyli ścianie odmalowany. W nim obrazów dwa, pod tymże nad mensą jest cyborium z drzewa, snycerską robotą wystawione. Chór był farbą białą z kwiatkami żółtemi pomalowany i wspierał się na dwóch słupach. Na chórze znajdował się pozytywek mały. Odnotowano pięcioro (?) drzwi do kościoła. Posadzka w nawie była częścią z kamienia, częścią z cegły, zaś w prezbiterium odnotowano podłogę z tarcic, podsiębitkę w całym kościele z tarcic – dobrą i nową (wymienioną zapewne podczas jakiegoś remontu pomiędzy 1818, a 1822 rokiem). Przy nawie stały dwie kruchty (zapewne północna i zachodnia). O dzwonnicy możemy się dowiedzieć, iż była obita tarcicami, już znacznie podezelowana, do tej jest wchod bez drzwi, a wewnątrz nie masz ani schodów, ani drabiny do dzwonów.
Jak więc widać z powyższego opisu przy kościele rozpoczęto prace remontowe. Wnioskować możemy, że w najgorszym stanie były deski którymi był obity kościół wewnątrz skoro to je w pierwszej kolejności wymieniono.
W kolejnym inwentarzu spisanym kilka lat później czytamy, że kościół został wyremontowany; podniesiono go, wymieniono pokrycie dachowe i wystawiono nową sygnaturkę. Ogólne wymiary kościoła wynosiły w planie 15 × 14 łokci. Z zewnątrz ściany były obite tarcicami, we wnętrzu pokrywała je farba olejna. Na sklepieniu wyobrażone jest Narodzenie Chrystusa i święci: Stanisław, Wojciech, Jakub i Kazimierz, a w prezbiterium – św. Stanisław Kostka, Barbara, Kunegunda i Alojzy. Podłoga była cała ułożona z desek. Cmentarz przykościelny otoczony był z trzech stron murem z kamienia, pod gontem (w 1818 roku, a także prawdopodobnie w 1833 roku był jeszcze drewniany parkan), od frontu stał mur z cegły, a na nim żelazna krata.
Widać więc, iż mamy tutaj kontynuację zapoczątkowanego wcześniej remontu samego kościoła (został podniesiony, wymieniono pokrycie dachowe i zmodyfikowano dach, podłoga była cała drewniana, całość ogrodzona została kamiennym murem).
W roku 1836, za czasów księdza Floriana Milewskiego w parafii Bebelno, dokonano remontu kościoła. Podmurowano go ponownie, podciągnięto przyciesie, wymieniono także gontowy dach oraz odnowiono sygnaturkę. Remont ten sfinansowali właściciele okolicznych wsi wchodzących w skład parafii Bebelno.
Z połowy XIX wieku pochodzi ludowa, drewniana figura św. Jana Nepomucena znajdująca się we współczesnej kapliczce. Święty Jan przedstawiony jest w stroju kanonika z krzyżem w ręku. Jest to dość charakterystyczny sposób przedstawiania tej postaci. Kapliczka jest murowana i tynkowana, kilka lat temu została dość gruntownie odrestaurowana, z zewnątrz pomalowana na kolor żółty, wewnątrz na biało, pokryta dachówką ceramiczną koloru brązowego. Figura św. Jana znajduje się na specjalnym postumencie obok figury znajduje się współczesna, stalowo-szklana lampka.
Kapliczka znajduje się na „Zastawiu” obok drogi przy cieku wodnym na dość podmokłym terenie. Miejsce to wśród mieszkańców popularnie nazywane jest „świętym Janem”. Święty Jan Nepomucen to patron chroniący przed powodzią i utopieniem oraz opiekun mostów. Jak więc widać także usytuowanie bebelskiej kapliczki ze św. Janem Nepomucenem nie jest przypadkowe. Jak to już było wcześniej wspomniane stoi ona na dość podmokłym terenie, obok cieku wodnego w pobliżu którego znajdują się i zapewne znajdowały się także wcześniej domostwa. Nawet obecnie przy większych opadach deszczu tereny te są dość często podtapiane i zalewane wodą z płynącego cieku, a należy pamiętać, iż dawniej poziom wód gruntowych był wyższy niż obecnie. Dodatkowo w przeszłości istniał w tym miejscu zapewne jakiś mostek lub kładka łącząca „Zastawie” z „Zakościelem”. Tak więc dodatkowym „zadaniem” św. Jana było „czuwanie” nad tym aby wezbrany niekiedy nurt cieku nie uszkodził przeprawy i wszyscy mogli z niej bezpiecznie korzystać.
Kapliczki to charakterystyczny element wiejskiego krajobrazu obok przydrożnych krzyży i figur. Z reguły były ustawiane na rozstajach dróg, wzgórzach, przy ciekach wodnych. Są dowodem wielowiekowych tradycji katolickich naszego narodu.
Na uposażenie parafii Bebelno, przed upadkiem powstania styczniowego i konfiskatą dóbr kościelnych, składało się 60 mórg użytków rolnych oraz dziesięciny i dochody kapitałowe od sum zapisanych przez właścicieli wioski – skalkulowane ogólnie na 156 rubli rocznie. Po upadku powstania styczniowego uposażenie bebelskiej parafii składało się z rządowej pensji w wysokości 300 rubli rocznie (parafia była zaliczona do tzw. „trzeciej klasy”) oraz sześciomorgowej pozostałości dawnej kościelnej własności ziemskiej.
Kolejne prace remontowe kościoła prowadzono w latach sześćdziesiątych XIX wieku. Z tego właśnie okresu zachował się plan kościoła sporządzony przez niejakiego Borkowskiego. Nawę oświetlały wówczas cztery okna. Od strony północnej kościoła znajdowała się kruchta, podobnie jak i od strony zachodniej (na rysunku oznaczona jako przedsionek).
Prace musiały być prowadzone raczej na początku lat sześćdziesiątych, skoro w trakcie wizytacji dziekańskiej i oceny stanu kościoła w 1868 roku, dokonanej przez ks. Walentego Khauna, nie stwierdzono żadnych istotnych zastrzeżeń co do jego stanu technicznego. Niestety stan ówczesnego mieszkania proboszcza groził jego zawaleniem, wytknięto także brak domu dla organisty. W latach sześćdziesiątych XIX wieku był nim Józef Wróblewski.
Należy pamiętać, iż dbałość o należyty stan techniczny kościołów nie była zadaniem łatwym w dobie zaborów. W Królestwie Polskim wszystkie remonty oraz budowa budynków sakralnych na podstawie ukazu z 20 stycznia 1863 r. uzależnione były od zgody wydanej przez władze państwowe. Renowacja i budowa obiektów sakralnych oraz zabudowań plebańskich była uzależniona od stanowiska członków tzw. dozorów kościelnych, utworzonych na podstawie przepisów z 1817 roku. Dozory te posiadały szerokie uprawnienia w zakresie materialnych aspektów funkcjonowania parafii. W skład dozorów wchodzili zazwyczaj reprezentanci poszczególnych środowisk i miejscowości z poszczególnych okręgów parafialnych, a stanowisko prezesa powierzano najczęściej właścicielowi dóbr gdzie znajdował się kościół lub wójtowi miejscowej gminy.
Jak już wcześniej wspomniano ówczesne mieszkanie proboszcza było w opłakanym stanie technicznym. Nie mieszkał on na plebanii gdyż ta spłonęła doszczętnie w roku 1859. W związku z tym dozór kościelny parafii Bebelno naglony żądaniami tak plebana jak i miejscowych parafijan zorganizował 5 lipca 1869 roku we Dworze Wsi Bebelno specjalną naradę mającą na celu ustalenie szczegółów budowy nowej plebanii. Z narady tej zachował się protokół który wraz z dokumentacją stanowi cenne źródło dzięki któremu możemy dowiedzieć się wielu szczegółów związanych z budową plebanii. W naradzie tej uczestniczyli właściciele majątków wchodzących w skład parafii oraz przedstawiciele poszczególnych miejscowości. O ile co do konieczności budowy nowej plebanii wszyscy byli zgodni i panowała tutaj jednomyślność, o tyle co do sposobu rozłożenia kosztów zdania już były podzielone. Z protokołu wynika, iż zgodnie z obowiązującymi wówczas przepisami koszty budowy powinny być podzielone na wszystkich parafian zgodnie z liczbą dymów. Jednakże większość zebranych była zgodna co do tego, iż przepisów tych w parafii Bebelno obecnie sprawiedliwie nie da się zastosować gdyż ilość dymów (kominów) w poszczególnych gospodarstwach z reguły nie odzwierciedla rzeczywistej majętności ich właścicieli. Uważano, iż wysokość składki powinna być uzależniona od ilości i jakości posiadanego gruntu i w efekcie takie kryterium zostało przyjęte. Oto co na temat podziału kosztów mówi fragment protokołu z narady (pisownia oryginalna):
(…) Z tych zasad wychodząc parafijanie jednomyślnie zgodzili się aby za podstawę do rozkładu składki na postawienie plebanii przyjąć podatek gruntowy zwyczajny który wszyscy opłacają a o ile który z mieszkańców więcej go płaci o tyle składkę wyższą zapłaci. Kollator zaś kościoła i pleban miejscowy są obowiązani do składki iaka na nich z rozporządzeń władz wyższych wypada. Do zawiadywania fabryką tak Dozór Kościelny jak X. Swiestowskiego plebana miejscowego oraz P Dobrowolskiego dzierżawcę Dóbr Bebelno w imieniu Właściciela Dóbr upoważniają. Na czem protokół niniejszy zakończony został przez Dozór Kościelny i parafijan umiejących pisać podpisany (…).
Protokół ten był podpisany przez:
- Sabina Przyłęckiego – jako właściciela Krasowa i przewodniczącego dozoru kościelnego
- Ludwika Krzyszkowskiego – właściciela Bebelna i kolatora
- Władysława Rogozińskiego – właściciela Krzepina i Sulikowa
- Jacka Rogozińskiego – właściciela Krasówka
- Konrada [Rudnickiego] – dzierżawcę Podłazia
- Teodora Dobrowolskiego – rządcę dóbr Bebelno
- ks. Józefa Świestowskiego – administratora parafii Bebelno
- Michała Wojtasika – sołtysa wsi Bebelno i Piotra Lelonka sołtysa wsi Krasów – jako członków dozoru kościelnego.
W 1870 roku, przybyły rok wcześniej do parafii ks. Józef Świestowski, podjął trud budowy plebanii. Budowa zakończyła się w roku 1871 i jak wynika z zachowanych dokumentów jej koszt wyniósł dokładnie 794 ruble i 30 kopiejek. Z dokumentów tych wynika także dokładny podział kosztów który przedstawiał się następująco:
- część kollatorska wnoszona przez kolatora wynosiła 80,43 rubla,
- składka wnoszona przez proboszcza (administratora) to 15,00 rubli,
- kwota pochodząca z odszkodowania (przypuszczalnie) z racji pożaru starej plebanii wynosiła 83,00 ruble.
Pozostałe koszty zgodnie z wcześniejszymi ustaleniami zostały rozłożone następująco (kwoty w rublach):
- dwór Bebelno – 167,50
- dwór Krzepin – 166,40
- dwór Krasów – 58,35
- dwór Krasówek – 33,60
- dwór Podłazie – 17,50
- gromada Bebelno – 41,81
- gromada Ludwinów – 58,64
- gromada Kobyla Wieś – 11,70½
- gromada Dziadówki – 5,88
- gromada Zagórcze – 6,66
- gromada Sulików – 6,95
- gromada Krzepin – 13,89
- gromada Krasów – 15,01½
- gromada Skociszewy – 7,38
- gromada Podłazie – 4,59
Niestety jak wynika z zapisków nie wszyscy zobligowani do wniesienia powyższych kwot tego dokonali. Dowiadujemy się, iż w całości swoje składki uiścił proboszcz, kolator oraz dwory Bebelno, Krasów i Krasówek. Dwór Podłazie najprawdopodobniej tylko część swojej składki (12 rubli) uregulował w dostawach tarcic na budowę plebanii, z włościan tylko kilku pomagało przy przeróbce wapna, a reszta parafiian zaległa w opłacie. Brakujące kwoty wniósł kolator (Ludwik Krzyszkowski – właściciel Bebelna) oraz przewodniczący (prezes) dozoru kościelnego (Sabin Przyłęcki – właściciel Krasowa).
Na przełomie XIX i XX wieku prezesem dozoru kościoła w Bebelnie był Michał Orłowski, właściciel Krasówka, a w pierwszej dekadzie XX wieku – Jan Suliga.
W roku 1891 ks. Michał Brzozowski przeprowadził modernizację plebanii i urządził w niej mieszkanie dla służby kościelnej.
W roku 1868 parafia Bebelno liczyła 1271, pod koniec lat 70. XIX wieku – 1593, w 1886 r. – 1600, a w 1888 – 1574 wiernych. W roku 1868 i 1874 w parafii Bebelno odnotowano 30 osób narodowości żydowskiej, w roku 1887 już 48 osób, a co ciekawe w roku 1888 źródła nie wskazują na zamieszkiwanie osób narodowości żydowskiej w bebelskiej parafii. W roku 1900 parafia liczyła już 1840 wiernych.